在南京，您可以前往南京市人力资源和社会保障局进行办理针灸师证，该机构是南京市负责医疗行业管理和职业技能培训的法定机构，其下属的专业技能培训机构包括针灸实训中心等。

具体流程如下：

1、填写《南京市职业技能培训报名表》并提交；

2、提交相关证明材料（如身份证、学历证书等）；

3、到指定地点参加职业资格考试；

4、考试合格后，可以到人力资源和社会保障局领取针灸师证。

请注意，以上信息可能会有所变动，请您以实际为准，在办理过程中，建议您提前了解相关的法律法规和政策规定，以免因不了解情况而影响到您的申请进度和效果。