中医与针灸在理论基础、诊断方法以及治疗方法等方面有所不同。

从理论基础来看，两者都是中医学的重要组成部分，但在医学发展史上，针灸的理论基础已经形成较早。《黄帝内经》中的“阴阳五行”理论和“脏腑经络”的概念对后世产生了深远影响，而中医则主要以阴阳五行理论为核心，结合人体生理病理学说进行病因病机的研究，并通过脏腑经络、气血津液等理论来进行疾病治疗。

在诊断方法上，中医采用望闻问切四诊合参的方法，通过对病人的观察、询问症状和体征来判断疾病的性质、原因和程度，而针灸则是将人体的各种穴位用特制的针具刺激，使经络通畅，达到治疗疾病的目的。

再次，在治疗方法上，中医强调整体观念，认为人体是一个有机的整体，任何器官的病变都会影响到全身的健康，中医采取调理身体的整体功能，通过调整脏腑经络、饮食起居等方法来改善病情，而针灸则主要针对人体特定的穴位进行刺激，通过调节人体的内分泌系统，促进血液循环，提高免疫力等方式来达到治疗疾病的目的。

虽然中医与针灸在理论基础、诊断方法及治疗方法等方面有明显的不同，但它们都具有重要的地位，都是人类探索自我健康的宝贵财富。